しばしば、漢方薬は自然の材料を用いているので副作用が無く、安全である、と信じられている。これは明治以降、とりわけここ数十年の間に広まった迷信である。猛毒を含む天然物は無数に存在し、漢方薬でもそのような原料が用いられている（例えば 附子＝トリカブト）。

ただし、「漢方に副作用がない」というのは本当である。これは薬が天然のものだからという理由でなく、漢方の方法論において副作用という概念がないということである。漢方では副作用が出た場合は誤治、すなわち診断ミスか投薬ミスとみなされる。漢方では、理論上は、副作用があって治癒できるなら副作用なしでも可能であるとされている。このことを理解するには証の概念について詳しく知る必要がある。

一方、日本漢方には瞑眩（めんげん）という概念がある。治療中に一時的に病状が悪化し、その後に完全に回復するような状態を指す。漢方以外の代替療法や民間療法などで「好転反応」という言葉を耳にすることがあるが、ほとんど同じ意味である。 これは副作用とは異なると説明されるが、実際に症状が出ている時点での区別は困難で、事後的にのみ確認できる。結局は医師の経験によって見分けるしかなくあまり当てにならないので、瞑眩らしきものがあればただの誤治だったと考えるほうが無難である。この概念は日本独特であり、かつ日本でも江戸時代はあまり認知されていなかった。

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